After effect c'est pas vraiment un logigel de montage, c'est vraiment pour rajouter des effet spéciaux et généralement on fait le montage avec autre chose : Premiere si on veut beneficier de l'import/export d'un format non encore "rendu" entre les 2 logiciels.
Sinon la reference pro du montage c'est Avid (ou final cut sur mac) et pour le plus "grand public" Vegas de Sony est considéré comme le plus complet.
Donc ca depends un peut ce que tu veut faire :
- Travailler les transitions, generique, synchro image/son -> logiciel de montage
- Rajouter des effect speciaux, element attache a l'image, déformation, retouche colorimetrique pointue, detourage/decoupage/recolage interne -> logicel d'effet speciaux